Pondok Pesantren Modern Nurussalam Sidogede dirintis dari sejak awal dibukanya Desa Sidogede pada tahun 1937. Para perintis adalah tokoh-tokoh agama dari Pulau Jawa yang ikut program kolonisasi/transmigrasi dari Prembun – Kebumen – Jawa Tengah. Mereka mendirikan surau kecil dan madrasah diniyah malam sebagai sarana kegiatan pengajian agama islam kepada masyarakat. Kegiatan ini diprakarsai dan dipelopori oleh Bapak Kyai Abdul Halim, Bapak Kyai Syukur Salim, Ibu Nyai Fatimah, Bapak Kyai Muttaqin dan dibantu oleh beberapa tenaga pendidik lainnya.

Antusiasme masyarakat belajar ilmu agama dan untuk memberikan pendidikan agama kepada putra putri mereka sedari kecil mendorong terwujudnya Madrasah Ibtidaiyah di Desa Sidogede, yang pada saat itu bernama Madrasah Islamiyah Sidogede (MIS) pada tahun 1967. Disusul kemudian dengan berdirinya Madrasah Tsanawiyah 4 tahun. Bersamaan dengan itu, para pendiri mempersiapkan kader-kadernya dengan menyekolahkan para alumninya ke beberapa pondok pondok pesantren di Pulau Jawa, yang kelak di kemudian hari kader akan melanjutkan lembaga pendidikan yang sedang dikelola.